Экологические исследования охотничьих животных во ВНИИОЗ всегда были в числе важнейших. Структурные подразделения, в названии которых отражается экологическая направленность охотоведческих работ, существуют более 60 лет. Руководителями этих подразделений в разные годы были: д.б.н. И.Д.Кирис (1946-1974), д.б.н., проф. С.А.Корытин (1974-1991), д.б.н., проф. В.И.Машкин (1991-2005),  В современном виде отдел экологии животных сформирован в начале 2006 г. под руководством д.б.н. А.П.Савельева, возглавлявшего его до 2015 г.


Сотрудники отдела активно участвуют в программах международного научного сотрудничества. Проводятся исследования по биологии размножения важнейших охотничьих видов животных России с коллегами из нескольких институтов Польской академии наук. Поддерживаются многолетние прямые научные контакты с коллегами из большинства стран Содружества, Балтии, а также Германии, Финляндии, Чешской Республики, Испании, Монголии и Японии.

К основным направлениям исследований относятся:

- Искусственное расселение животных и его последствия – традиционно важное направление работы института. Основной акцент делается на анализ экологической роли акклиматизантов и их генетического статуса. Изучается состояние аборигенных и созданных посредством искусственного расселения популяций. Выявленные генетические особенности инбредированных и гибридных популяций должны учитываться при формировании стратегии сохранения биоразнообразия и при создании высокопродуктивных охотничьих хозяйств.

- Трофология охотничьих животных. Изучается экологическая морфология, физиология питания диких животных и токсикология растительных кормов. Установлены закономерности избирательного питания растительноядных охотничьих животных, выбор кормов которыми определяется токсичными соединениями вторичного обмена растений.

- Экомониторинг биоты. На основе длительных, 30-летних, а по некоторым видам – и вековых рядов наблюдений анализируется отклик биоты на изменения климата. Одним из важных практических следствий данной работы является биологически обоснованная оптимизация сроков весенней охоты на водоплавающих.

- Экотоксикологические исследования ведутся с целью выявления особенностей реакций охотничьих животных и экосистем на химическое загрязнение среды и обеспечения экологической безопасности населения.

- Практические разработки в области управления ресурсами охотничьих животных. Для ряда охотничьих хозяйств и нескольких регионов страны разработаны эффективные системы управления ресурсами важнейших охотничьих видов и/или сохранения особо охраняемых объектов животного мира.